Dépistage Rapide et Analyse du SARS-CoV-2 avec wf-artic : Guide Complet et Optimisé

Vous cherchez une solution rapide et performante pour analyser les données de séquençage du SARS-CoV-2 ? Le workflow wf-artic développé par epi2me-labs est une solution open-source basée sur la méthodologie ARTIC Network. Découvrez comment il peut vous aider à obtenir des résultats précis et rapides, même avec des ressources informatiques limitées.

Pourquoi Utiliser wf-artic pour l'Analyse du SARS-CoV-2 ?

• Méthodologie Validée : S'appuie sur le protocole ARTIC, une référence pour l'analyse du SARS-CoV-2.
• Rapidité et Efficacité : Obtenez des résultats en quelques minutes par échantillon.
• Flexibilité : Compatible avec les données de MinION, GridION et PromethION d'Oxford Nanopore Technologies.
• Facilité d'Installation et d'Utilisation : Installation simple via Nextflow et exécution via Docker ou Singularity.

Installation Facile et Exécution Rapide avec Nextflow

wf-artic utilise Nextflow pour gérer les calculs et les dépendances logicielles. Pas besoin de télécharger tout le dépôt, Nextflow s'en charge !

Suivez ces étapes simples :

1. Installez Nextflow : Téléchargez et installez Nextflow depuis https://www.nextflow.io/.
2. Obtenez le Workflow : Exécutez nextflow run epi2me-labs/wf-artic -–help pour obtenir la liste des paramètres disponibles et un exemple de commande.
3. Téléchargez les Données de Démonstration : wget https://ont-exd-int-s3-euwst1-epi2me-labs.s3.amazonaws.com/wf-artic/wf-artic-demo.tar.gz && tar -xzvf wf-artic-demo.tar.gz
4. Lancez l'Analyse : nextflow run epi2me-labs/wf-artic --fastq test_data/reads.fastq.gz -profile standard

Configuration Minimale Requise pour un Fonctionnement Optimal

Même avec des ressources limitées, wf-artic peut fonctionner efficacement.

• Configuration Recommandée : 4 CPUs, 8GB de RAM
• Configuration Minimale : 2 CPUs, 4GB de RAM
• Temps d'exécution approximatif : 5 minutes par échantillon.

Quels Types de Données d'Entrée sont Acceptés ?

wf-artic est conçu pour être flexible avec différents formats de données FASTQ.

• Cas (i) : Chemin d'accès à un seul fichier FASTQ.
• Cas (ii) : Chemin d'accès à un répertoire contenant des fichiers FASTQ.
• Cas (iii) : Chemin d'accès à un répertoire contenant des sous-répertoires (codes-barres) avec des fichiers FASTQ. Un fichier sample_sheet peut être fourni pour associer les codes-barres aux noms d'échantillons.

Personnalisez Votre Analyse avec Différents Paramètres

wf-artic propose plusieurs paramètres pour adapter l'analyse à vos besoins spécifiques.

• --fastq : Spécifie le ou les fichiers FASTQ à analyser.
• --scheme_name et --scheme_version : Définissent le schéma d'amorces utilisé (ex : ARTIC/V3).
• --sample_sheet : Fournit un fichier CSV pour mapper les codes-barres aux noms d'échantillons.
• --out_dir : Indique le répertoire de sortie des résultats.
• --report_depth : Détermine la profondeur minimale pour le calcul de la couverture.

Quels Sont les Rapports et Fichiers de Sortie Générés ?

wf-artic produit une gamme complète de fichiers et de rapports pour une analyse approfondie.

• wf-artic-report.html : Rapport HTML agrégé pour tous les échantillons.
• all_consensus.fasta : Séquences consensus finales pour tous les échantillons.
• lineage_report.csv : Rapport Pangolin sur la lignée virale pour chaque échantillon.
• nextclade.json : Résultats Nextclade sur le clade viral pour chaque échantillon.
• {{ alias }}.pass.named.vcf.gz : Fichier VCF contenant les variants détectés dans chaque échantillon.

Simplifiez Votre Analyse du SARS-CoV-2 Dès Aujourd'hui !

Avec wf-artic, l'analyse des données de séquençage du SARS-CoV-2 devient plus accessible, plus rapide et plus précise. Commencez dès aujourd'hui et obtenez des informations précieuses pour le suivi et l'étude du virus.

N'hésitez pas à consulter la documentation complète sur https://labs.epi2me.io/wfindex pour plus de détails et d'options de configuration.